В конце XVIII века в Иране к власти пришла азербайджанская династия Каджаров (1796 – 1925). Каджары начали вести политику централизации власти в целях присоединения территорий и ханств Азербайджана, ранее находившихся под властью их предков каракоюнлинцев, аккоюнлинцев, сефевидов и наконец, Надир шаха.

И так начался длинный период войн между Каджарами и Российской империей за Южный Кавказ.

Азербайджан превратился в арену кровопролития двух держав. Соблазненные Россией территориальными обещаниями, армянские и грузинские генералы возглавляющие военные операции пользуясь этим шансом учинили геноцид среди мирного населения Азербайджана.

Согласно Гюлистанским (1813) и Туркменчайским (1828) договорам территория Азербайджана была разделена между двумя империями: Северный Азербайджан был присоединен к России, Южный Азербайджан вошел в состав Ирана управляемого династией Каджаров.

Итак, в последующей истории Азербайджана возникают новые политико – географические термины : «Северный Азербайджан» (или «Российский Азербайджан») и «Южный Азербайджан» (или «Иранский Азербайджан»).

В отличии от Южного Азербайджана, который находился под властью отсталого в развитии шахского режима, Северный Азербайджан при помощи России вошел в более передовой культурно – экономический этап развития Западной Европы.
Началась русификация азербайджанского народа на севере и фарсифизация на юге.

Россия с целью дальнейшего продвижения на Восток и для выхода к теплым морям, начала вести политику притеснения и выдворения азербайджанцев с Кавказа. В первую очередь для этой цели использовала христианское население Южного Кавказа – переселенных из Ирана и Турции армян, также грузин и местных азербайджанских албанских христиан. Началась принудительная христианизация местного мусульманского населения.

Итак, начало широких захватов новым христианским государством – Российской империей, после Византийской империи, способствовало возрождению христианского фактора на Южном Кавказе. Были предприняты попытки переселения население из России на территорию Азербайджана.

Первое время после провала этой политики, Россия для создания опоры на Южном Кавказе, начала политику переселения армян из соседних стран на азербайджанские земли, в особенности в горные регионы Карабаха, на территории бывшего Иреванского и Нахчыванского ханств. На Западных Азербайджанских землях (на территориях бывших Иреванских и Нахчыванских  ханств) приграничных с Турцией искусственным образом и в собственных целях была создана «Армянская провинция». Таким образом, на азербайджанских землях была заложена основа будущего армянского государства.

Помимо этого, Россия в 1836 году ликвидировала независимую Албанскую церковь и передала ее в подчинение армянской Григорианской церкви. Таким образом создались благоприятные условия для григорианизации и арменизации древнего населения Азербайджана – христианских албан. Были заложены основы новых территориальных притязаний армян к азербайджанцам. Не довольствуясь этим Царская Россия прибегла к еще более грязной политике : вооружив армян, подняла их против тюркско – мусульманского населения и началась массовая резня азербайджанцев. После этого, начался период массовой резни азербайджанцев и тюркско – мусульманского населения Южного Кавказа.

На северо – западе страны, на приграничных с Грузией территориях для политики христианизации была привлечена грузинская церковь. Пользуясь этим грузинские феодалы, при помощи активной поддержки русских колонизаторов, начали осуществлять свою давнюю мечту, православизацию и грузинизацию местного населения.

Жестокая колонизаторская политика царизма и его подопечных наткнулась на упорное сопротивление местного населения. Несмотря на это, колонизаторы за счет раздаренных конфискованных бекских земель и предоставленных широких льгот смогли христианизировать некоторые деревни албанских ингилоев. Не довольствуясь этим, колонизаторы превратили древние албанские церкви в православные, и на каждом шагу началось строительство новых церквей. Христианизация этой части Азербайджана проводилась под прямым контролем и присутствием Кавказского наместника.

В то же время, параллельно с христианизацией местного населения особое внимание уделялось переселению христианского населения из России в Азербайджан. Цель была усиление роли христианского фактора на Южном Кавказе и в особенности в Азербайджане. Жестокий шахский режим проводил аналогичную политику на южных землях Азербайджана.

В результате, освободительная борьба Азербайджанского народа имеющего традиции независимости усилилась как на севере, так и на юге. Это привело к тому что, Иран и Россия которые вели войны за обладание территориями Азербайджана, сплотились и стали союзниками против освободительной борьбы азербайджанского народа. Несмотря на все это, Азербайджанский народ не прекратил свою борьбу за независимость против Российского гнета и каджарского режима Ирана, и неоднократно поднимал восстания для восстановления своей государственности, бился не на жизнь, а на смерть.

Во времена первой русской (1905 – 1907) и иранской (1905 - 1911) революций Азербайджанский народ боролся за восстановление своей государственности и создание в новом времени новой демократической системы управления.