XVIII əsrin sonunda Azərbaycan sülaləsi olan Qacarlar (1796-1925) İranda hakimiyyətə gəldilər. Qacarlar vaxtı ilə onların ulu babaları qaraqoyunluların, ağqoyunluların, səfəvilərin və nəhayət, Nadir şahın hakimiyyəti altında olmuş bütün əraziləri, o cümlədən Azərbaycan xanlıqlarını yenidən mərkəzi hakimiyyətə tabe etmək siyasəti yeritməyə başladılar.

Beləliklə, Qacarlarla Cənubi Qafqazı işğal etməyə çalışan Rusiya arasında uzun sürən müharibələr dövrü başlandı.

Azərbaycan iki böyük dövlət arasında qanlı müharibələr meydanına çevrildi. Rusiya tərəfindən ərazi vədləri ilə şirnikləndirilərək hərbi əməliyyatlara başçılıq edən erməni və gürcü mənşəli generallar əllərinə düşmüş fürsətdən istifadə edərək Azərbaycanın dinc əhalisinə qarşı dəhşətli soyqırımları törətdilər.

Gülüstan (1813) və Türkmənçay (1828) müqavilələrinə əsasən Azərbaycan iki imperiya arasında bölüşdürüldü: Şimali Azərbaycan Rusiyaya, Cənubi Azərbaycan isə qacarların idarə etdiyi İran şahlığına qatıldı.

Azərbaycanın bundan sonrakı tarixində yeni siyasi-coğrafi anlayışlar meydana gəldi: "Şimali Azərbaycan" (və ya "Rusiya Azərbaycanı") və "Cənubi Azərbaycan" (və ya "İran Azərbaycanı").

Geridə qalmış şahlıq rejiminin hakimiyyəti altına düşmüş Cənubi Azərbaycandan fərqli olaraq, Şimali Azərbaycan Rusiyanın və onun vasitəsilə bütün Qərbi Avropanın nisbətən qabaqcıl mədəni-iqtisadi inkişaf məcrasına daxil oldu.

Azərbaycan xalqının şimalda ruslaşdırılması, cənubda isə farslaşdırılması dövrü başlandı.

Rusiya Şərqə doğru daha da irəliləmək, isti dənizlərə yol açmaq üçün azərbaycanlıları Qafqazdan sıxışdırıb çıxarmaq siyasəti yeritməyə başladı. Bunun üçün ilk növbədə Cənubi Qafqazın xristian əhalisinə - başlıca olaraq İrandan və Türkiyədən köçürülmüş ermənilərə, həmçinin gürcülərə arxalandı, Azərbaycanın xristian-alban əhalisindən istifadə etdi. Yerli müsəlman əhalinin zorla xristianlaşdırılmasına başlandı.

Beləliklə, Bizans imperiyasından sonra yeni bir xristian dövlətinin - Rusiyanın regionda geniş işğallara başlaması ilə Cənubi Qafqazda xristian amili yenidən dirçəldildi. Rusiyadan Azərbaycan ərazisinə xristian əhalinin köçürülüb gətirilməsinə cəhd göstərildi.

İlk zamanlar bu siyasət baş tutmadıqda Rusiya Cənubi Qafqazda özünə dayaq yaratmaq üçün işğal etdiyi Azərbaycan torpaqlarına, xüsusən Qarabağın dağlıq rayonlarına, keçmiş İrəvan və Naxçıvan xanlıqlarının ərazisinə qonşu ölkələrdən kütləvi surətdə erməni əhalisi köçürdü. Türkiyə ilə həmsərhəd olan Qərbi Azərbaycan torpaqlarında - keçmiş İrəvan, Naxçıvan xanlıqlarının ərazisində süni surətdə və xüsusi məqsədlə "Erməni vilayəti" yaradıldı. Bununla, Azərbaycan torpaqlarında gələcək erməni dövlətinin əsası qoyuldu.

Bundan əlavə, Rusiya 1836-cı ildə müstəqil Alban kilsəsini ləğv etdi və onu erməni Qriqorian kilsəsinin tabeçiliyinə verdi. Bununla da Azərbaycanın qədim əhalisi olan xristian albanların qriqorianlaşdırılmasına və erməniləşdirilməsinə daha əlverişli şərait yaradıldı. Ermənilərin azərbaycanlılara qarşı yeni ərazi iddialarının əsası qoyuldu. Bütün bunlarla kifayətlənməyən çar Rusiyası daha çirkin siyasətə də əl atdı: erməniləri silahlandıraraq türk-müsəlman əhali üzərinə qaldırdı və azərbaycanlılara qarşı kütləvi qırğınlar törədilməsinə başlandı. Bununla azərbaycanlılara və Cənubi Qafqazın bütün türk-müsəlman əhalisinə qarşı soyqırımları dövrü başlandı.

Ölkənin şimal-qərbində - Gürcüstanla həmsərhəd olan ərazidə isə xristianlaşdırma siyasətinə gürcü kilsəsi cəlb olundu. Bundan istifadə edən gürcü feodalları Rusiya müstəmləkəçilərinin fəal köməyi ilə çoxdankı arzularını - yerli müsəlman əhalinin pravoslavlaşdırılması və gürcüləşdirilməsi planlarını həyata keçirməyə başladılar.

Lakin çarizmin və onun əlaltılarının bu qəddar müstəmləkəçilik siyasəti yerli əhalinin inadlı müqavimətinə rast gəldi. Bununla belə, müstəmləkəçilər Azərbaycan bəylərinin müsadirə olunmuş torpaqlarını paylamaq və geniş imtiyazlar vermək hesabına bəzi alban-ingiloy kəndlərini dinlərindən döndərib xristianlaşdıra bildilər. Bununla kifayətlənməyən müstəmləkəçilər qədim alban kilsələrini pravoslav kilsələrinə çevirdilər və bölgədə addımbaşı yeni kilsələr tikdirdilər. Azərbaycanın bu bölgəsinin xristianlaşdırılması siyasəti bilavasitə Qafqaz canişininin öz nəzarəti və iştirakı ilə həyata keçirilirdi.

Eyni zamanda, yerli əhalinin xristianlaşdırılması ilə yanaşı Rusiyadan Azərbaycana xristian əhalisinin köçürülməsinə diqqət artırıldı. Məqsəd Cənubi Qafqazda, xüsusən Azərbaycanda xristian amilinin rolunun gücləndirilməsindən ibarət idi.

Mürtəce şahlıq rejimi tərəfindən Azərbaycanın cənub torpaqlarında da eyni cür siyasət həyata keçirilirdi.

Çox çəkmədən, müstəqil yaşamaq ənənələrinə malik olan Azərbaycan xalqının həm şimalda, həm də cənubda azadlıq mübarizəsi gücləndi. Nəticədə, əvvəllər Azərbaycana yiyələnmək üstündə öz aralarında qanlı müharibələr aparmış Rusiya və İran dövlətləri Azərbaycan xalqının azadlıq mübarizəsinə qarşı və ölkəmizin yenidən birləşməsinə yol verməmək məqsədilə bir-birinin etibarlı müttəfiqinə çevrildilər. Bütün bunlara baxmayaraq, Azərbaycan xalqı Rusiya ağalığına və qacarlar İranının şahlıq rejiminə qarşı istiqlal mücadiləsini dayandırmadı, özünün müstəqil dövlətini yaratmaq üçün dəfələrlə üsyan qaldırdı, ölüm-dirim savaşına qalxdı, şəhidlər verdi.

Rusiyada Birinci rus inqilabı (1905-1907), İranda isə 1905-1911-ci illər inqilabı dövründə Azərbaycan xalqı özünün müstəqil dövlətçiliyini bərpa etmək, yeni dövrdə yeni demokratik idarəçilik sistemi yaratmaq uğrunda mübarizə aparırdı.