Ermənilər Qarabağı ələ keçirmək üçün əvvəllər başladıqları soyqırımlarını Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti dövründə də davam etdirdilər. Azərbaycan hökuməti yaranmış vəziyyəti nəzərə alaraq 1919-cu ilin yanvarında Şuşa, Cavanşir, Cəbrayıl və Zəngəzur qəzalarını əhatə edən Qarabağ general-qubernatorluğu yaratdı. X.Sultanov Qarabağ general-qubernatoru təyin edildi. Ermənistan (Ararat) Respublikasının Xarici işlər naziri S.Tiqranyan Qarabağ general-qubernatorluğu yaradılmasına etirazını bildirmiş, lakin Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti hökumətinin cavabında bu etiraz əsassız hesab olunmuş və həmin ərazilərin Azərbaycanın ayrılmaz tərkib hissəsi olması göstərilmişdi. Qarabağ general-qubernatoru ermənilərin ərazi iddiaları ilə yanaşı, əvvəlcə ingilislər, sonra isə amerikanlarla gərgin münasibətlər şəraitində fəaliyyət göstərməli oldu. Lakin ermənilər Qarabağ general-qubernatorluğu ərazisində sülh yaranmasına imkan vermədilər.
1919-cu ilin sonları-1920-ci ilin yazında Zəngəzurda erməni-daşnak silahlı quldur dəstələri dinc azərbaycanlı əhaliyə qarşı basqınlar və kütləvi qırğınlar törətdilər.
Ermənilər Cavanşir qəzasında da sakitləşmirdilər. Onların qəzanın dağətəyi kəndlərinə hücumları adi hal almışdı. Erməni quldur dəstələri 1918-ci ilin yaz-yay aylarında qəzanın düzənlik hissəsinin müsəlman əhalisinə qarşı da çoxsaylı zorakılıq aktları etdilər. "Ermənilər Tərtər çayının qabağını kəsərək başqa istiqamətə yönəldir və qəzanın aran kəndlərinin əkinlərini susuz qoyaraq, onlara böyük zərər vururlar. Hətta iş o yerə çatmışdı ki, aran kəndlərində içməli su belə çatışmırdı".
Qarabağın digər qəzası - Cəbrayılda da erməni silahlıları dinc əhaliyə hücum edirdilər. 1918-ci ilin dekabrında Cəbrayıl qəzasının azərbaycanlı kəndlərinə ermənilərin hücumları genişlənmiş, 1919-cu ilin əvvəllərində daha dağıdıcı xarakter almışdı.
Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti dövründə Şuşada ermənilərin ən xəyanətkar silahlı qiyamlarından biri 1920-ci il martın 22-də Azərbaycan xalqının Novruz bayramı günü baş verdi. Bu separatçı qiyam Azərbaycanı işğal etməyə hazırlaşan bolşeviklərin sifarişi ilə qaldırılmışdı. Bu zaman erməni-separatçı qiyamlarının əksər yerlərdə dəf edilməsinə baxmayaraq, onlar Əsgəran qalasını ələ keçirə bildilər. Görülən hərbi-siyasi tədbirlər nəticəsində Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti Qarabağda suveren hüquqlarını bərpa etdi. Lakin ərazisində yaşadıqları dövlətə xəyanət edən ermənilərin Qarabağda separatçı qiyamları və törətdikləri soyqırımları 1920-ci ilin aprel işğalı ərəfəsində ölkənin şimal sərhədlərinin müdafiəsi işinə ağır zərbə vurdu və müstəqil Azərbaycan dövlətinin - Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin süqutunu sürətləndirdi.